1. Romanische Kirche
Bei der Kirchenrenovierung 1991 wurden die Grundmauern einer romanischen Kirche freigelegt: das quadratische Presbyterium (= Altarraum) hatte die Seitenwände ab der Öffnung des Chorbogens, die Rückwand liegt unter dem heutigen Hochaltar; das Kirchenschiff hatte bereits die Größe der Kirche (die Seiten-wände der heutigen Kirche stehen auf den romanischen Fundamenten, die Kirche wurde nach dem letzten Brand im Jahre 1872 um 2 Joche verlängert). Diese romanische Kirche wurde um das Jahr 1300 erbaut. Der romanische Weihwasserstein stammt noch von dieser ersten Kirche Windhaags!
1380 wird dann in einer Urkunde erstmals die "Würnthager Pfarr" erwähnt, die aber sicher noch nicht selbständig war.
2. Gotische Kirchen
1487 wird von den Starhembergern, den Besitzern der Herrschaft Reichenau, eine neue gotische Kirche erbaut und der Friedhof dazu angelegt. Das Presbyterium erhielt einen neuen gotischen Grundriß, das Kirchenschiff stand auf den romanischen Fundamenten.
1507 wurden ein Marien- und ein Martinaltar geweiht. Nach einer Andeutung in der Pfarrchronik stand in dieser Kirche ein Flügelaltar, der dem von St. Michael ähnlich gewesen sein soll. Von dieser Kirche sind noch der Turm, die Wände des Presbyteriums und im Kirchenschiff bis zum vorletzten Joch erhalten. Die beiden Steine mit dem Stern und der Rose außen am Turm sind die Schlußsteine des Gewölbes dieser Kirche. Für die zweite gotische Kirche wurden die Strebepfeiler außen an die Kirchenwand angefügt und die schlanken Säulen innen mit dem Gewölbe im Langhaus errichtet. Hofrat Benno Ulm ordnet die Steinmetzarbeiten der Gallneukirchner Bauhütte (Thomas Veldner und Wolfgang Wieschitzberger, Anfang 16. Jh.) zu (vgl. Altenberg und 8. Baustufe der Freistädter Stadtpfarrkirche).
3. Barocke Umbauten
Am 12.05.1641 verlieh Kaiser Ferdinand II. Windhaag das Marktrecht. 1650 wurde der alte gotische Flügelaltar abgetragen. 1690 wurde Windhaag von einem großen Brand heimgesucht. Auch das Kirchen- und das Turmdach wurden samt den Glocken ein Raub der Flammen.
Am 1. November 1704 wurde Windhang selbständige Pfarre und mit Regularkanonikern von St. Florian besetzt. Für diese neue "Würde" wurde der Taufstein beim Josephi-Altar in der Kirche angeschafft. Er stand seit der neugotischen Umgestaltung bis zur Kirchenrenovierung 1991 im Läuthaus "im Exil". Im 18. Jh. wurde der Hochaltar mit dem Bild der Steinigung des hl. Stephanus aus der Stadtpfarrkirche Freistadt errichtet. Dieses Altarbild hängt seit der neugotischen Umgestaltung über dem Seiteneingang.
In der Nacht auf den 21. Juli 1841 brach in Markt zum zweiten Mal Feuer aus, das Kirchen- und das Turmdach wurden vernichtet. 1841 bis 1843 war Anton Bruckner, der "Musikant Gottes", als Schulgehilfe in Windhaag. Dabei hat er auch in unserer Kirche Mesner- und Organistendienst geleistet.
4. Neugotischer Umbau und Ausschmückungen nach 1945
In der Nacht auf den 13. Oktober 1872 wütete im Markt noch einmal das Feuer. Dabei wurden Kirchen- und Turmdach samt den Glocken vernichtet. Beim Wiederaufbau verlängerte man das Schiff um 2 Joche. Der Turm bekam statt des früheren Zwiebelhelmes ein Spitzdach. Die Steinteile im Läuthaus lagen im Bauschutt und wurden bei der Restaurierung 1991 gefunden.
1874 erhielt die Kirche von der Firma Mauracher in Salzburg eine neue Orgel. Teile dieser Orgel sind in der heutigen Orgel eingebaut. Sie wurde von Augustinus Franz Kropfreiter konzipiert und von der Orgelbauanstalt St. Florian ausgeführt. Am 5. Mai 1974 wurde diese "Anton Bruckner Gedächtnisorgel" geweiht. 1883 bis 1886 erhielt die Kirche die heutigen Altäre und die Kanzel aus der Hand des Gmundner Bildhauers Josef Untersberger. Der neugotische marmorne Taufstein stand beim Marienaltar unter der Kanzel und wurde bei der Restaurierung 1991 im Läuthaus deponiert.
1967/68 erhielt die Kirche die neuen Glasfenster von Lucia Jirgal mit Rosenkranzdarstellungen in den Hochaltarfenstern; Schöpfung, Paradies, St. Stephanus, St. Florian und Sebastian, Christus als Weltenrichter im Kirchenschiff; die 4 apokalyptischen Reiter, das mit der Sonne umkIeidete Weib auf der Mondsichel, St. Dominikus und Pius XII. auf der Empore.
Bei der letzten Restaurierung unter der Planung von Architekt Anton Zemann aus Freistadt wunden 1990 die Gräber am alten Friedhof um die Kirche aufgelassen und der Vorbau beim Seiteneingang und die neue Sakristei errichtet. 1991 wurde in der Kirche rolliert, Estrich und neues Pflaster eingebaut, neue Kirchenstühle angeschafft und das Presbyterium mit Kredenztisch, Ambo und Volksaltar von Gerhard Eilmsteiner neu gestaltet. Die Friedhofmauer wurde 1991/92 saniert und an der Straße zur Errichtung eines Gehsteiges verlegt. Es wurde auch die Orgel, die gesamte neugotische Einrichtung und das Altarblatt aus dem 18. Jh. restauriert.
Die Stephanusmarter beim Pfarrhof als Ausdruck der Dankbarkeit 1997 von Pfarrer Kramar beim Windhaager Bildhauer Gerhard Eilmsteiner zu Ehren des Pfarrpatrons St. Stephanus in Auftrag gegeben. Die vier mannshohen Granitblöcke, die zusätzlich noch mit Stahlschrauben zusammengespannt sind, symbolisieren die Mauer der Ablehnung, an der der hl. Stefan scheiterte. Die Steine im Vordergrund erinnern an seinen Tod durch Steinigung, der eingravierte Palmenzweig ist das Zeichen des Martyrers. Die abgelegte Dalmatik, die plastisch aus dem Stein gehauen wurde, weist auf sein Diakonenamt hin. Der vom Kreuz bekrönte Edelstahlreifen, der den Blick auf das Geschehen in eine neue Ebene lenkt, weist darauf hin, daß nur der Glaubende diesen Tod recht zu deuten vermag.
Geschichte der Pfarrkirche von Windhaag bei Freistadt
Das Gebiet unserer Pfarre gehörte ursprünglich zum großen Waldlehen der Griesbacher. 1125 wurde dieses Gebiet zur seelsorglichen Betreuung dem Stift St. Florian übergeben; die Urpfarre Lasberg wird in diesem Jahr errichtet. Die noch ungerodeten Urwaldgebiete im Norden ihres Gebietes übergaben um 1200 die Griesbacher den Pibern, ihren Dienstleuten, welche die Feste Lobenstein besaßen. Sie sind die eigentlichen Kolonisatoren unserer Pfarre, der Name Piberschlag erinnert noch an sie. 1309 wurde Grünbach als neue Florianer Pfarre, zu deren Gebiet auch Windhaag gehörte, aus Lasberg ausgegliedert.
